后率余部四千余人退往夔东地区，同大顺军余部李来亨、刘体纯、袁宗第、郝摇旗、贺珍等部联合作战，成为后来“夔东十三家”之一。
就在二王兄弟退往夔东地区的路上，吴进忠突然率部掉头返回郧阳，王光泰闻讯后急派使者往吴部阻止，殊料使者还未入营就被吴进忠手下斩杀。杀掉使者后，吴进忠一刻也不敢停留，星夜直奔郧阳向清军投降。再次隆清的吴进忠得到了喀喀木信重，不仅没有夺其部曲，更是任其为郧襄副将。
顺治六年，因南方王得仁、金声恒、李成栋等人相继举旗反清，清军连失数省地盘，各处兵力亦是吃紧，清廷遂从辽东召尚可喜与耿仲明二王率家口旧部入关南下。二王行至湖北时，因吴进忠身材高大，一脸虬须，颇有古之大将风范，尚可喜见之心喜，又知其部本是农民军，战力相较原明朝军队改编过来的绿营兵要强，便有意将其召入麾下听调。
不过尚藩南下兵员清廷已有定制，不许其私自征召，尤其不得招募绿营将兵，更不得私藏兵将，为此尚可喜着实费了一番手脚方将吴部纳入麾下。初时，只要吴进忠于藩下听命，并不曾收入旗中。
此后平、靖二藩挥师广东，大小征战上百，吴进忠所部每战都为先锋，斩获甚众。攻打广州之时，吴进忠更是自请所部十八勇士为入城先锋，趁夜骗开广州城门，为清军攻入城中立下大功。凭此功劳，吴进翼在尚藩麾下地位不断上升，虽不曾入镶蓝汉军旗，却可指挥旗兵作战，并且官阶也高升为了右翼总兵官。广州城内除二王藩下直属旗兵，总督府的督抚标兵，其余兵马名义上的右翼总兵官吴进忠都可指挥。
李定国二攻新会，平、靖二藩相继派兵入城防守，靖藩以平藩为首，平藩兵马则以汉军旗参将由云龙、右翼总兵官吴进忠马首是瞻。吴进忠自知身份不比由云龙这个汉军旗参将，因此守城事务不问大小悉向由云龙请示。
不过实际守城过程中，吴进忠却起到了至关重要的作用，因曾为农民军的缘故，他深知同为农民军出身的李定国大军攻城手段，几次凭借经验化解新会城危机，更是数次率领死士出城打退李定国的兵马，和由云龙一起成功守住新会城。
由云龙被周士相剌死后，吴进忠接管新会防务，城中汉军旗、绿营都归其提调，据说平南王尚可喜已经有心向清廷请奏吴进忠为广东提督，若是此任命能被清廷通过，吴进忠便能当上当年李成栋做梦都想当上的广东提督要职。
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