周士相成婚之后，一直留在南京，并没有回镇江。
大都督府已经由镇江迁到南都，衙所设在原两江总督衙门所在。随着宪令改制的推行，南都再一次成为权力中心。镇江那里则为第五战区指挥机构临时驻地，负责新二军和新三军的训练作战事项。
内阁由六大学士理政，首辅仍为文渊阁大学士郭之奇、次辅为华盖殿大学士张煌言、群辅为东阁大学士洪育鳌、武英殿大学士丁之相、谨身殿大学士袁廓宇、文华殿大学士扶纲。品阶皆定正一品。
六部改制动作并不大，只将原兵部职能归入大都督府，新设学部和库部，其它各部职事不变。
学部组建之后，以原永历朝廷大学士扶纲为学部尚书，主管中央至地方的学堂教育事，并主持两年一次的会试。
扶纲是崇祯六年举人、七年进士，郭之奇则是天启七年举人、崇祯元年的进士，所以资历上扶纲比郭之奇低了些。不过在永历朝廷，郭之奇一直在外联络招募兵马抗清，扶纲则始终伴随永历，并且出任过次辅。当年李定国从安龙将永历迁到昆明时，便曾有意由扶纲出任首辅，后因清军大举入滇，此事遂罢。
扶纲出掌学部，并用入阁理事，是周士相对扶纲一直以来坚持抗清的表彰，也是对以扶纲为首的原永历朝官给予的酬劳。
自扶纲以下，大量从安南归国的原永历朝官们陆续在六部及宫务院、地方任职，这批官员相对于南都原有官绅，无疑是周士相的天然拥护者。因为若不是周士相，他们很可能已经死在云贵的茫茫丛山之中，又或被清军捉获。相较生活还算安定的江南士绅，这批永历朝官们可谓是经历过生与死，希望和绝望。他们对于时局的演变有着切肤认知，对于国家遭受的苦难更是比别人多了终生难忘的记忆。
有人担心周士相大量启用原永历朝官，会使得朝堂中“拥桂”力量再次壮大起来，将来会成为隐患。对此，周士相不以为然，因为他很清楚，这批官员之所以会流落到安南，原因就是他们对朱由榔这个天子感到绝望。若非如此，他们也不会辞官弃印，脱离朱由榔。
因而，没有人比这批永历朝臣们更知道皇帝无能懦弱对于国家的危害性，从朱由榔仓皇从昆明南奔之日起，扶纲等人已经算是彻底的“弃桂”派了。再让他们投身于“拥桂”运动之中，只怕已经无一人再肯。
再者，扶纲等人当初回国之后必立即证明永历册封-->>
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