三月二十九日,张名振、张煌言率水师六百余艘战船再入长江,顺风溯流而上,过京口(镇江境内),直抵仪真,在仪真城外江中焚毁满清盐船数百艘。消息传到江宁，清江南总督马国柱急忙调兵遣将,对深入长江的明朝海师进行拦击。张名振等人在仪真停留的时间很短就返航东下,撤回崇明一带的沙屿稗沙、平洋等处,此次入江是为二入长江之役。
五月十八日,张名振因兵员、饷银不足,难以支撑其部继续抗清，遂由张煌言统兵舟山，其亲自南下浙江温州买米七船,又到福建厦门面见郑成功,要求郑氏提供兵员、火药、器械等物资以供张部坚持斗争。时正与满清福建当局“和谈”的郑成功为了加大谈判筹码，答应张名振的请求，派忠靖伯陈辉统水兵五千、陆兵一万、大船近百艘北上支援。
郑成功的支持让张名振认为不虚此行,回舟北返。九月初六,张名振部进抵上海县城下,清朝上海知县吓得瘫痪于地,城中百姓喧传张军乃“王者之师”,纷纷响应，或击杀清军兵卒，或恐吓清朝官员，或围攻衙门。一时之间，上海有为明军收复之危险。清江宁巡抚周国佐在接到松江府的急报后，立即火速领兵来援，以屠城相威胁上海百姓,这才稳定了上海局势。无法得到上海百姓内应的张名振被迫率部撤返。
自上海退兵后，张名振和张煌言合计后认为当再率军进入长江，这一次不再是仅入江口，而是直入江宁，以打击清廷在江南的统治，瓦解人心。十二月，二张等率军乘船四百余艘溯江而上,十八日由三江营驶过焦山,直抵南京郊外的燕子矶。
突然出现在南京城外江面上的明军水师战船吓得城中清朝官员惊呼“咫尺江宁,势甚披猖”。满清两江总督马国柱、提督管效忠为防明军围困江宁，动摇清廷在东南的半壁江山，亲自指挥驻守南京的满、汉兵丁出城截杀明军。
自随鲁王兴军抗清以来，不论是张名振还是张煌言都精于水战而弱于步战，尤其二人麾下兵马陆战实力更远远弱于清军，又无骑军佐应，因此虽凭水师之利震动南京，但在实力远强于他们的清军打击下，二张无法在江面上持久下去，更无法在岸上立足。
有鉴于无法在陆上击败清军，又受制于粮草补给，张名振、张煌言在南京城外江面上仅停留数日便再次率舟师缓缓东下退出长江。虽说这次攻入长江和前两次一样都没有对清军造成一定杀伤，更没有攻府夺县，但对清廷的震动却是极大，也使沿海抗清力量和江南士绅认-->>
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