周士相口口声称今后太平军将一改从前流寇做法，改以建设根据之地以供战事所需，然在攻打增城、番禺、顺德等县时，太平军所行的却仍是流寇手段。
最典型的表现就是太平军大规模搜掠占领区内的“战略物资”，并以“自愿”为名将青壮大量迁往香山，虽然至始至终，太平军的主力营头仍然坚守了“不杀人、不放火”的五条军纪，但翻墙倒柜般的掠夺粮食和盐铁行为仍使当地百姓蒙受巨大损失。在此过程中不乏有村民自发组织团练反抗太平军，由此带来一定程度的伤亡。
二次鹿头河大战全歼塔音布部，周士相才稍稍着手改变了一些过激政策，允许不愿随太平军南迁香山的百姓可以留有一定口粮，对反抗强烈的村子也不再强行攻打，以免百姓无谓伤亡，并且大力宣传百姓若不随太平军南迁则势必会受到清军报复，但是这些补救措施来得太晚，截止太平军撤军时，增城、番禺、顺德及新安部分地区的百姓死伤已经超过千人，被焚毁的村寨也达到了十多处。
随着两次鹿头河战事的全胜及清军在增城、番禺、顺德等乡下统治的瓦解，越来越多的绿营兵和土匪、强盗加入了太平军，使得太平军的新建营头不断增加，达到了十几个，新附兵的数量也从起初的千余人上升到了六千余人。
这些新附兵的军纪败坏了到了极点，仅以增城义勇营俞天恩部为例，在夺取增城向太平军纳降之后，俞天恩便使部下在四下抢掠，屠镇屠村不下一二处，美其名曰要向太平军周大帅纳粮完税。若有不从，即视为心向鞑子而大加杀戮。
新附兵在各地的破坏性抢掠令得太平军在这些地方的名声大坏，周士相也不是不想约束这些降兵，但是这些降兵来源复杂，且各自都据有一块地盘，彼此也十分分散，令得急于班师回香山的太平军没法抽出兵力，也没有时间对他们用兵。到了后来，周士相索性也不去管他们，任他们自生自灭去。
秦智生强烈反对放任这些新附兵不管，说这些土匪降兵打着太平军的旗号捞尽好处，但坏的却是太平军的名声，长此下去如何得了，等到广东百姓人人都视太平军为敌寇时，再想弥补可就来不及了。现在就算太平军一时没有能力去将这些新附兵都纳入太平军的体制中，也应该派出官吏接手这些新附兵所控制的地盘，尽力维持地方治安，约束新附兵的军纪，阻他们对百姓的祸害，而不是这样放任下去。
周士相没有理会秦智生要求派员整肃降兵的请求，-->>
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