从三江口回到广州后，周士相立即着手进行整军，首先便是令各部统计兵马，计有兵21500人，青壮民夫14000人。其中降兵人数为10600人，后备兵连同辎重营兵5500人，原属太平军步军左右二营、新兵营战兵为5000人左右。
在回广州的路上，周士相已经想好如何整军扩军，他意将太平军设立为四镇，从各部中挑选精兵编入第一、第二镇，剩余编为第三镇，余下则为第四镇。
一镇编制具体为:20兵为一伍，设伍正一名、衔小旗；3伍为一队，设队正一名、衔总旗官；一队所辖3伍分别以甲乙丙命名，队正又设直属兵十员，掌扈卫、旗鼓号令事，另设伙兵5员，故一队兵额为75人；3队为一卫，设卫尉一名，衔百户，卫下所辖队以甲乙丙名之，卫正又有直属兵20员，称之为卫兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一卫兵额245人.
3卫为一营，设营尉一名，衔千户。营下所辖卫以甲乙丙名之，营尉下设直属兵40员，称营兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一营兵额775人；3营为一旅，设旅校一名，衔指挥同知；营以甲乙丙名之，旅尉下设直属兵100员，称旅兵，掌扈卫、旗鼓事；故一营兵额2425人。
3旅为一镇，设镇将一名，衔为指挥使。镇下辖旅以甲乙丙名之，镇将下设直属兵300员，又称镇兵，掌扈卫、旗鼓号令事；故一镇兵7575人。
此次改编大体亦同香山成军时制，不过旅帅、师帅改为旅校、镇将，营官称营尉，卫官称卫尉。每队设队副2名，为小旗衔，其中一人为安军小使；每卫设副卫尉2名，为试百户衔，其中一人为安军中使；每营设副营尉2名，为百户衔，其中一人为安军大使；每旅设副校2名，为千户衔，其中一人为安军使；镇将下设副将2名，指挥同知衔，安军使由镇将亲领。
镇将暂拟等同总兵官，旅校等同参将，营尉等同游击，卫尉等同千总，队正等同把总。正式任命待报请永历朝廷后方能落实，周士相眼下只能以自己广州总兵官名义权知任事。
老卒善战者，称锐兵；新入军者，称选兵；又有在乡待选者（保安队），称备兵。太平军制，以锐兵、选兵为正兵，其额有缺者，以备兵补之，备兵入营，则为选兵。
步军四镇之外再设马兵一旅，称骑兵旅，其旅建制等同步军一镇。官兵名额亦同，一旅兵为2425人；旅校不设直属兵，兵员亦有锐兵、选兵之-->>
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