张孝起他们当然不是聚众谋反，他们的诉求从一开始就明明白白，那就是请监国殿下将为绍武翻案的奏章留中不发，同时惩治上此奏章的“佞幸小人”。自始至终，发起的官员没有一个有过谋反念头，但欲加之罪何患无辞。周士相以谋逆罪给这次监国行宫闹事案定了性。为了让谋逆罪坐实，管刑部的丁之相等人搬出大明律法，从中择摘十八条罪名以佐领张孝起等人聚众为图谋不轨。
当日，张孝起、马安民、王万达、郭天叙、秦荣、程邦俊等136名朝官被捕，另有378名士绅及中举未进学又未归乡的士子被捕，参与闹事百姓被捕者2650人。一时间，广州府的牢房爆满，以致不得不将部分犯人关押在城外越秀大营。因军帅府严令，广州府不敢私放一人，使得府衙外犯人家眷哭嚎不已。
唐王对周士相不经自己同意就杀人、抓人、关人的举动很是愤怒，命首辅郭之奇拿他谕令命周士相放人。
周士相很是愤怒的对首辅郭之奇道：“朝中之议，有不同意见者可上疏直达监国殿下，或递表通政使司代传，是非公直总有朝廷公断，焉能不经官面程序而私下串连，煽动百姓冲击行宫，以造成声势压迫监国，压迫朝廷！倘若此举得逞，日后人人学之，但凡不合心意，便使人冲击官府朝廷，国家如何治理，朝廷又有何公信可言？”
郭之奇反复为张孝起等人求情，周士相都是冷面一张，只称需依律法处置，不能循私，更不能枉法。
郭之奇走时，周士相命人将这些天来广州府统计出的有关打砸、抢劫等案卷薄送上，共计369桩，桩桩皆有苦主，桩桩皆叙述分明，内中不乏苦主为牢中待罪之人。又取特别卷，为所捕犯人自供通鞑作乱，欲使广州内乱，借此反对唐王监国，以为大清之助口供。另有参与闹事地主士绅从前为清廷卖命出力事迹，都是各地详加察明，快马递呈广州。白纸黑字，又有乡邻作证，更有从前受害乡民状纸，当真是铁证如山。
郭之奇无语，知这些案卷有真有假，但就算周士相统统拿假作真，人在他手上，话都是他说，他一空头首辅又能如何。郭之奇无果回奏唐王之后，唐王自是不满，再派司礼太监潘应龙传谕放人，更于宫中声称周士相若不放人，他便不再监国。
周士相不得已，亲往行宫觐见唐王，当殿说道：“臣当日在文村就对殿下说过：此生唯以杀虏复国为志。谁要阻拦北伐、阻拦光复河山的大业，臣就算落个千古骂名也不会让这等-->>
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