同样的流程，所有玩到《合金装备：幻痛》最后一关的玩家们，看着跟那第一关一样流程的关卡时脸上都是充满了惊疑。
这是出BUG了？还是怎么了？
但暂时放下心中的疑问，重新再次跟绷带男逃离了一次医院，他们被接下来的剧情震惊了。
那是翻车之后的画面，山猫左轮提前来到了现场将绷带男从这里面救了出来。
“骑上那台机车，已经调校好了，随时可以出发。”数小时后的一条公路上，山猫尊轮开口说道。
而在他的旁边是——BIG BOSS，真正的BIG BOSS。
简单的谈论，一切都明了了，狸猫换太子。
钻石犬基地中的，一直不是真正的BIG BOSS而是他的幻影。
而在钻石犬基地中的幻影，也已经意识到自己的真实身份了Venom Snake在房间里面发现了一盘磁带。
在磁带上面写着一句话‘欺骗了世界的男人’，这就是当初的宣传视频的CG动画。
将磁带放入播放机，真正的BIG BOSS的自白出现。
‘多亏了你，我才能逃过一死。’
‘同时，也多亏了你，我才能留下我的痕迹，而你也……写下了自己的传说。’
‘你活出了自己的故事，我是BIG BOSS，而你……也是BIG BOSS……’
‘不！’
‘我们两个合起来，才是完整的BIG BOSS，如今所拥有的一切，是我们创造出来的，这则故事……这个传说，是属于我们的。’
‘我们有能力改变这个世界……并借此改变未来。’
‘我就是你，而你就是我。’
‘不管身在何处，都请你铭记于心，谢谢你……朋友，接下来……’
‘你，就是BIG BOSS！’
将磁带放入播放机，进行数据的销毁，Venom Snake不应该同样是BIG BOSS站在了镜子的面前，一拳将镜子击碎，转身朝着一团黑暗的迷雾中走去。
随后出现了游戏的结尾，伴随着开发成员的名单，游戏结尾处米勒与山猫也进行了简短的对话。
曾经的朋友与-->>
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